Les poneys partent résoudre un problème d'amitié, et se retrouvent dans un village où tout le monde a perdu sa cutie mark.
Les poneys se sont fait enlever leurs Cutie Marks et doivent trouver un moyen de les récupérer. Un grave secret concernant le poney qui les leur a prises est révélé, ce qui les aide à trouver une solution.
Quand ses amies découvrent que la princesse Twilight évite son nouveau château, elles lui proposent de le rendre plus confortable.
Les appréhensions d'Apple Bloom au sujet de sa cutie mark font de sa vie un cauchemar auquel elle pourrait ne jamais échapper.
Rainbow Dash apprend que Tank a besoin d'hiberner, elle décide d'arrêter l'hiver pour ne pas le quitter.
Quand le célèbre hors-la-loi Troubleshoes Clyde revient pour menacer le rodéo de Pommaloosa, les Cutie Mark Crusaders réalisent que le livrer à la justice pourrait leur permettre d'obtenir enfin leurs Cutie Marks.
Lorsqu'il apprend que Fluttershy veut amener avec elle une nouvelle amie au grand gala Equestre à sa place, Discord essaie de montrer qu'il n'est pas jaloux.
La Carte envoie Pinkie Pie et Rainbow Dash chez les griffons pour résoudre un problème. Le Royaume de Griffonstone a perdu une grande statue d'or, mais la statue est-elle ce dont les griffons ont besoin ?
Pendant que le Mane 6 va combattre un monstre qui attaque Ponyville, Cranky et Mathilda préparent leur mariage, et découvrent que les invitations ont la mauvaise date. Les background ponies sont alors sur le devant de la scène.
Spike a pour mission de faire en sorte que la Princesse Twilight ne soit pas dérangée, mais le pouvoir lui monte à la tête, et il prend en son nom des décisions qui vont avoir des conséquences désastreuses.
Pinkie Pie va devoir sauver la situation en organisant une fête de clôture pour un important sommet au sujet de l'amitié entre les poneys et les yacks, qui a fini par tourner au désastre.
Twilight n'ayant aucune nouvelle de ses anciennes amies de Canterlot, décide de leur rendre visite. Mais elle va se rendre compte qu’une dans le lot a du mal à oublier le passé...
Afin de se repentir de ses péchés, Luna a créé Tantabus, un monstre dévorant ses rêves. Mais ce dernier va s'échapper et semer la pagaille dans les rêves de tous les poneys.
Rarity réalise enfin son rêve d'ouvrir une boutique à Canterlot. Aidée par Sassy Saddles, cette dernière va prendre un peu trop les rennes de la création de Rarity.
Rainbow Dash est accusée d'avoir fait disparaître Spitfire, Rarity va alors tout faire pour mener l'enquête et sauver son amie.
Coco Pommel souhaite rénover une salle de théâtre de Manehattan, elle fait alors appel à Applejack et Rarity afin de tout réparer et réunir de nouveau les habitants de la ville.
Applejack étant à Manehattan, elle ne peut participer aux Sisterhooves Social. C'est Big Mac qui va alors se travestir pour participer avec sa petite sœur.
Les Cutie Mark Crusaders ont décidé d'aider Pipsqueak dans sa campagne présidentielle pour l'école. Mais Diamond Tiara n'est pas de cet avis, voulant rester présidente.
Cadance est enceinte, seule Pinkie Pie est au courant, et a beaucoup de mal à garder le secret, en attendant l'annonce officielle.
Les familles Apple et Pie ont décidé de fêter Hearth’s Warming Eve ensemble, mais les cultures semblent bien trop différentes.
C'est Nightmare Night, mais Fluttershy a une peur bleue de cette fête. Elle va décider de prendre son courage à deux sabots afin de le fêter avec ses amies.
Twilight a passé 3 jours enfermée chez elle. Pendant ce temps, ses amies et Discord semblent avoir passé d'excellents moments, ce qui a le don d'énerver la princesse de l'amitié.
Twilight et Fluttershy sont appelées par la carte pour régler une dispute entre deux familles qui ne se rappellent même plus pourquoi elles se disputaient.
Une vieille amie d'Applejack est devenue une grande pop star, et elle craint que son manager ne lui veuille pas que du bien.
Starlight Glimmer, souhaitant prendre sa revanche contre le Mane 6, a appris un sort permettant de modifier le passé, le présent, et le futur d'Equestria à jamais.
Twilight et ses amies continuent de se battre contre Starlight afin de l'empêcher d'altérer le passé, mais ils craignent que leurs efforts ne soient vains.