L'aventure est principalement centrée sur Bibi après que celle-ci a cueilli une fleur interdite sans le savoir. Dorémi la réprimande à son retour du Monde Magique parce que Flora l'avait suivi. Les apprenties sorcières ont pour tâche de récupérer la fleur qui est la source de tous leurs problèmes.

Dorémi, Émilie, Sophie, Loulou, Mindy et Bibi partent en vacances chez les grands-parents de Dorémi et Bibi. Grand-mère leur raconte l'histoire d'une montagne et d'une pierre magique. Les filles décident alors d'aller la trouver en s'aidant de la chanson de l'histoire pour trouver leur chemin.

L'histoire suit le destin croisé de trois personnages qui ne se connaissent pas : une employée de bureau de 27 ans nommée Mire Yoshitsuki qui travaille à Tokyo, une étudiante de 22 ans nommée Sora Nagase qui souhaite devenir professeur, et Reika Kawatani, une jeune fille de 20 ans un peu « garçon manqué » qui travaille à temps partiel à Hiroshima, dans une petite boutique qui prépare des okonomiyaki. Les trois jeunes femmes, qui vivent toutes à des endroits différents, sont pourtant liées par un joyau magique. Un beau jour, elles sont réunies toutes les trois au même endroit et vont devoir partir à l'aventure… !