Les filles s’introduisent dans le monde des sorcières pour rendre le sèche-cheveux à Maggie Grigri mais celles-ci tombent par hasard dans le jardin de la reine. Elles vont être témoin de la naissance d’un bébé sorcière.
Bibi fait une nuit blanche pour s'occuper de Flora pour s'entraîner à veiller tard dans l'espoir de pouvoir passer son examen de magie le lendemain soir.
Mademoiselle se rend à la boutique pour demander de l'engrais à DoReMi et ses amis. En effet, la chapelle de l'école où elle a grandi a vu toutes ses plantes mourir. Il s'agirait du dernier démon.
Marina, l'élève qui s'occupe des fleurs, s'est faite insulté par Thomas, un élève qu'elle apprécie beaucoup, mais celui-ci a été incité à faire ça par le trio S.O.S.
Flora passe une visite médicale et va passer plusieurs épreuves pour savoir si DoReMi et ses amies sont capables de l'élever.
Les filles ont besoin d'herbes magiques pour Flora et vont aller voir une veille sorcière qui n'est qu'autre que la mère de Maggie Grigri.
Dorémi, ses amies, lala et Maggie Grigri se rendent à la ferme pour des vacances aisnsi que pour un concert de Loulou.
Sarah, qui vit sans mère à ses côtés, et Frédéric décident de sécher les cours après que leur professeur leur ai demandé de dessiner un portrait de leur mère pour la fête des mères.
Sophie est invitée à passer la nuit chez sa mère et cette première apprendra comment s'est déroulé le divorce de ses parents.
Après avoir passé le test de la poussette, Dorémi et ses amies relèvent un défi un peu particulier proposé par le Docteur Guéritout.
Alexandre jaune-d'Œuf est de retour pour enlever Flora. Il a dans l'optique de restaurer la gloire d'antan du royaume des magiciens.
DoRéMi et ses amies vont se voir attribuer le titre d'apprenties royales par la reine pour partir à la recherche de Flora, qui a été enlevée par Alexandre Jaune-d'Œuf.
Dorémi rencontre Jérémy, un mystérieux garçon dont elle tombe amoureuse. Il se révèle que ce dernier possède quelques pouvoirs magiques et est très intéressé par Flora.
Dorémi et ses amies, accompagnées de Lala, Maggie Grigri et sa mère partent à la campagne pour trouver des herbes magiques. Là-bas elles croisent le père de Dorémi en train de pêcher avec une jeune femme.
Flora passe son examen du sixième mois, et Alexandre Jaune-d'Œuf en profite pour tenter de l'enlever.
Toute la classe de Dorémi se réunit au temple pour passer leurs épreuve de courage, comme à chaque année.
Mademoiselle Kiki s'est trouvé un nouveau petit ami durant les vacances d'été. Les filles vont alors tenter de savoir si ce petit ami est fait pour elle.
Jérémy est désormais accompagné de trois nouveaux amis magiciens. Pendant ce temps, Flora apprend à marcher.
La classe de Dorémi va à la campagne, mais Clara, qui s'occupe des photos, agace le reste de la classe.
La classe de Bibi répète des figures pour le cours de gym. De la pyramide à l'éventail, ils répètent, tandis que la brute de la classe s'attire des ennuis.
Sophie bat Léon du FLAT4 et celui-ci tient absolument à prendre sa revanche, même lorsque Flora se perd pour attraper une libellule.
Flora passe son examen médical, tandis que pendant ce temps, Bibi passe son examen d'apprentie sorcière.
La classe de Dorémi organise une pièce de théâtre, et Emilie est désigné comme metteur en scène, puisqu'il s'agit du métier de son père.
Dorémi, Emilie, Sophie, Maggie Grigri et Lala, accompagnées de Flora rendent visite à Loulou sur un tournage, mais sur place, elles vont subir les caprices d'un jeune comédien.
Loulou a besoin de Flora pour un tournage, et Stéphane, un des membres du FLAT4 va en profiter pour tenter lui aussi de devenir une vedette.
En rentrant d'un examen, Dorémi et ses amies vont rencontrer Virginie, une sorcière qui n'utilise pas ses pouvoirs magiques...
Maggie Grigri et Lala la fée sont trop malade pour s'occuper de Flora. De ce fait, Doremi et les filles doivent emmener Flora à l'école.
Flora passe le test du douzième mois, mais Jérémy et ses amis en profite pour révéler leurs véritables intentions et enlever Flora.
L'ancêtre de la reine des sorcières jette un sort sur Flora ce qui fait qu'elle tombe gravement malade. Pour avoir un espoir de la sauver, les filles doivent pénétrer dans la forêt des sorts pour tenter de récupérer le remède qui guérira Flora : La fleur de l'amour Suprême.