Un esprit machiavélique fait son entrée à Ponyville : Discord. Tentant de corrompre tous les poneys et d'assurer le règne d'un pays plongé dans le chaos, il s'en prend aux 6 amies en les piégeant dans un labyrinthe d'illusions...

Prises au piège de Discord, les amies se laissent envahir de sentiments néfastes et ne souhaitent plus utiliser les Éléments d'harmonie afin de venir à bout de cet esprit cruel. Mais c'est sans compter sur Twillight, qui fera tout pour sauver ses amies.

Twilight Sparkle se souvient n'avoir envoyé aucune lettre à la princesse Celestia puisqu'elle n'a rien appris entre temps, aucun malheur n'étant arrivé à elle ou ses amies. Elle va alors tout tenter pour fâcher ses amies entre elles et pouvoir ainsi écrire sa lettre...

Pour la Nuit du Cauchemar, tout le monde se déguise et récolte des bonbons pour les offrir en offrande à Nightmare Moon afin qu'elle ne mange plus personne. Mais lorsque Luna veut participer à la fête, la peur s'installe parmi les poneys qui ne voient en elle que son ancienne apparence démoniaque. Twillight va alors décider de lui apprendre comment se faire accepter.

Sweetie Belle commence à se faire une place chez Rarity. Mais ce n'est pas du goût de cette dernière, encore moins la soirée à la Sweet Apple Acres, à laquelle Sweetie Belle veut assister...

Apple Bloom va tout faire, une fois encore, pour obtenir sa Cutie Mark. Et cette fois, le succès semble au rendez-vous, mais à quel prix ?

Rainbow Dash se rend compte qu'elle est la seule parmi ses amies à ne pas avoir d'animal de compagnie. Exigeante, elle va alors organiser un concours afin de déterminer lequel est le plus apte à être son compagnon idéal.

Un héros masqué fait son apparition à Ponyville, et vole la vedette à Rainbow Dash, qui se sent prise au dépourvu.

Rarity, en visite à Canterlot, va devoir choisir entre ses amies, et ses prestigieuses nouvelles connaissances, adeptes de sa couture.

Spike profite de son anniversaire pour abuser de la gentillesse des poneys, et grandissant à mesure qu'il profite d'eux, il finit par mettre Ponyville en danger.

Les 6 poneys montent sur le devant de la scène afin de raconter l'histoire de la création d'Equestria : ''Hearth's Warming Eve''.

Apple Bloom est embarrassée à l'idée que Granny Smith vienne parler devant toute sa classe, par peur d'être la risée de son école.

M. et M^me Cake sont les heureux parents de deux bébés poneys. Mais pendant leur absence, ils recherchent la parfaite baby-sitter, et finissent par accepter la proposition de Pinkie Pie, qu'ils trouvent cependant trop immature pour ce travail.

Applejack compte payer pour réparer la mairie, mais elle ne revient jamais d'un concours auquel elle allait participer pour gagner l'argent. Ses amies partent à sa recherche, sans songer une seule seconde à ce qu'elles vont découvrir.

Les frères Flim Flam mettent au défi les Apples pour savoir qui des deux fait le meilleur jus de pomme de Ponyville. Le perdant devra alors s'incliner et quitter Ponyville.

Blessée, Rainbow Dash se retrouve à l'hôpital mais refuse de lire le moindre livre apporté par Twillight. Cependant, les aventures de Daring Do lui donne rapidement du goût pour la lecture.

Les Cutie Mark Crusaders souhaitent aider miss Cheerilee et Big Macintosh à tomber amoureux et confectionnent un filtre d'amour pour l'occasion, mais il faut lire tout le livre avant que l'on ne fasse quelque chose comme ça...

Pinkie Pie découvre avec joie qu'un nouvel arrivant emménage à Ponyville. Voulant à tout prix en faire son ami, elle va très vite gâcher la vie de ce nouveau venu.

Fluttershy, fatiguée de se faire marcher dessus, décide de suivre les cours de maîtrise de soi d'un professeur aux méthodes particulières, Iron Will.

Twillight reçoit un avertissement de son double venu d'un futur proche et chaotique. Elle fera tout pour que cela ne se réalise pas.

Spike décide de suivre la Grande Migration des dragons pour découvrir qui il est vraiment. Mais les choses ne vont pas se passer exactement comme il l'avait imaginé.

Fluttershy tente de se surpasser afin de venir en aide à Rainbow Dash et aux autres pégases chargés de s'occuper d'approvisionner en eau Cloudsdale, à la saison de la Pluie.

Les Cutie Mark Crusaders ont du succès dans le journal de l'école, publiant sous le nom des Pipelettes (ou Gabby Gums) des méfaits sur les habitants de Ponyville. Mais très vite, cela va se retourner contre elles.

Le gâteau que Pinkie Pie doit garder sain et sauf pour un concours à Canterlot est ruiné dans le train qui les y emmène. C'est alors qu'elle commence les investigations.

Twillight est confuse lorsqu'elle apprend le mariage de son frère Shining Armor avec la princesse Mi Amore Cadenza, qu'elle connaît pourtant depuis longtemps. Elle la soupçonne d'être devenue machiavélique.

Alors que Shining Armor et la princesse Mi Amore Cadenza vont se marier, Twillight découvre le terrible secret que cache cette dernière.